Vitajte na informačnom portáli
o Európskom výskumnom priestore (ERA)

Nová univerzálna metóda JRC detekcie pre SARS-CoV-2

Nepretržité mutácie sú veľkou výzvou na detekciu SARS-CoV-2. Zdroj: https://joint-research-centre.ec.europa.eu

Štúdia JRC predstavuje novú všestrannú metódu určenú na detekciu súčasných a budúcich variantov SARS-CoV-2. Všetky nové cirkulujúce varianty budú zachytené presnejšie vo vzorkách klinických aj odpadových vôd.

Neustály vývoj SARS-CoV-2 predstavuje výzvy pre súčasné detekčné nástroje. Od začiatku pandémie sa SARS-CoV-2 vyznačoval odlišnými súbormi genetických zmien schopných znížiť diagnostickú presnosť, ale tiež sa nakoniec vyhnúť existujúcej imunite a poskytnúť vírusu vyššiu prenosnosť.

S príspevkom s názvom „Nový test RT-PCR na detekciu súčasných a budúcich variantov SARS-CoV-2“ – uverejneným v špeciálnom vydaní vedeckého časopisu „Epidemiológia založená na odpadových vodách (WBE) v pandémiách COVID-19“ „Vírusy“ – Spoločné výskumné centrum (JRC) Európskej komisie v spolupráci s vedcami z Luxemburska a Holandska dosiahli ďalší míľnik v úsilí o zmiernenie pandémie COVID-19.

Na rozdiel od iných dostupných testov bol test JRC RT-PCR špecificky koncipovaný na detekciu genómových oblastí vírusu, ktoré sú menej náchylné na mutáciu. Týmto spôsobom vedci JRC s pomocou partnerských laboratórií vyvinuli univerzálnu metódu detekcie tak všestrannú, že sa očakáva, že odhalí všetky súčasné a s najväčšou pravdepodobnosťou všetky budúce varianty SARS-CoV-2. Metóda tiež drasticky znižuje možnosť mať falošne negatívne výsledky testov, t.j. vzorka je testovaná negatívne, zatiaľ čo v skutočnosti obsahuje vírusové častice. JRC tiež vyrobilo potrebné kontrolné vzorky na širokú a globálnu distribúciu. Očakáva sa, že všetky nové varianty ako Gryphon – variant XBB.1.5, ktorý v súčasnosti cirkuluje hlavne v USA – a všetky ostatné možné varianty cirkulujúce v Číne, neuniknú detekcii pomocou tejto novej metódy.

Nový duplexný test RT-PCR v reálnom čase schopný detekovať nové varianty

Nová metóda vyvinutá vedcami JRC spočíva v novom duplexnom teste RT-PCR v reálnom čase, ktorý je schopný odhaliť dve genómové oblasti SARS-CoV-2, ktoré po dvoch rokoch vývoja vírusu zostali stabilné (vedci JRC ich preto nazvali ultrakonzervovanými prvkami). Nový duplexný test úspešne deteguje všetky testované varianty SARS-CoV-2 (vrátane podradov Omicron BA.4 a BA.5) z klinických vzoriek aj vzoriek odpadových vôd s analyticky vysokou citlivosťou a špecifickosťou. Test tiež funguje ako jednokrokový kvapôčkový digitálny test RT-PCR.

Pozitívne výsledky tohto testu v spojení s negatívnymi výsledkami z testu špecifického pre líniu (ako je napríklad test, ktorý JRC vyvinulo skôr pre Omicron) môžu poskytnúť včasnú indikáciu objavenia sa potenciálneho nového variantu SARS-CoV-2, ktorý vyvoláva obavy v určitú komunitu a tým napomáhajú intervenciám v oblasti verejného zdravia. Tento nový test by okrem klinického testovania mohol byť prijatý v programoch dohľadu na rutinné monitorovanie prítomnosti SARS-CoV-2 v populácii vo vzorkách odpadových vôd.

Kompatibilita s novým referenčným materiálom

Test sa zhoduje s novým referenčným materiálom na detekciu SARS-CoV-2 pomocou RT-PCR. Materiál pozostáva zo syntetickej ssRNA (EURM-014), ktorá pokrýva časť vírusového genómu. Bude to užitočné najmä pre klinické alebo environmentálne diagnostické laboratóriá, ktoré hľadajú kvalitu a dôveru vo svoje merania SARS-CoV-2.

V roku 2020 JRC vydalo syntetickú molekulu ssRNA (EURM-019), ktorú vo veľkej miere používajú mnohé laboratóriá na celom svete na kontrolu krokov reverznej transkripcie a amplifikácie testov SARS-CoV-2 v reálnom čase RT-PCR.

Nový materiál EURM-014 má zvýšenú kompatibilitu s existujúcimi PCR testami, je stabilný pri izbovej teplote a obsahuje internú kontrolu na overenie postupu extrakcie RNA a integrity vzorky.

Pozadie

Sledovanie variantov SARS-CoV-2 v komunitách sa stáva kľúčovým pre zabezpečenie rýchlej reakcie verejného zdravia. Na základe stanoviska vyjadreného Výborom pre zdravotnú bezpečnosť a odporúčania EÚ v rámci integrovanej reakcie na politickú krízu (IPCR) o epidemiologickej situácii v EÚ/EHP a vývoji v Číne poskytlo JRC technické usmernenia a nástroje na podporu na testovanie a sekvenovanie odpadových vôd z letísk s medzinárodnými letmi a lietadlami prilietajúcimi z Číny, ako aj na klinické testovanie prichádzajúcich cestujúcich.

Spoločný prístup k skríningu a výberu vzoriek odpadových vôd na ďalšiu charakterizáciu by bol veľmi prospešný. Test JRC spojený s ďalšími špecifickými metódami RT-PCR môže preto prispieť k tomuto cieľu a podporiť spolupracujúce strany a subjekty systému EÚ na kontrolu kanalizácie pre SARS-CoV-2.

Vedci JRC neúnavne pracujú na lepšej detekcii nových variantov a boji proti SARS-CoV-2. Zľava doprava: TOTH Kalman (JRC-GEEL), BUTTINGER Gerhard (JRC-GEEL), MARCHINI Antonio (JRC-GEEL), PARACCHINI Valentina (JRC-GEEL), CORBISIER Philippe (JRC-GEEL). Zdroj: https://joint-research-centre.ec.europa.eu

Viac informácií:

JRC study: “New RT-PCR assay for the detection of current and future SARS-CoV-2 Variants”

Release of a new reference material for the detection of SARS-CoV-2 by RT-PCR

Opinion of the Health Security Committee for a common EU approach in response to the COVID-19 situation in China

Decision of the Integrated Political Crisis Response (IPCR)

JRC Guidelines – Wastewater sampling of aircrafts for SARS-CoV-2 surveillance

EASA/ECDC guidelines for aviation as part of European response to COVID-19 developments in China

Zdroj: https://joint-research-centre.ec.europa.eu, zverejnené: 13. 1. 2023, autor: rpa