Výskumná skupina výpočtovej biológie FMFI UK (doc. Broňa Brejová a doc. Tomáš Vinař) pomohla v spolupráci so skupinou Dr. Borisa Klempu z Virologického ústavu SAV a prof. Jozefa Noseka z Prírodovedeckej fakulty UK potvrdiť prítomnosť nového britského kmeňa na Slovensku.
Výskumná skupina výpočtovej biológie dlhodobo spolupracuje na sekvenovaní DNA a RNA pomocou vreckových sekvenačných prístrojov MinION a vyvíja aj softvérové nástroje pre analýzu dát z týchto prístrojov. Ako hovorí doc. Tomáš Vinař: “Na sekvenovaní vzoriek SARS-CoV-2 spolupracujeme už od leta 2020, momentálne sme jedinou skupinou, ktorá prispieva do medzinárodnej databázy GISAID sekvenciami slovenských vzoriek SARS-CoV-2. Naša práca má však veľmi ďaleko od systematického monitorovania stavu epidémie, jednoznačným lídrom v tejto oblasti je Veľká Británia, kde do dnešného dňa osekvenovali vyše 170-tisíc vzoriek (u nás je to zatiaľ menej ako 50). Systematické monitorovanie prevalencie rôznych kmeňov môže pritom pomôcť vystopovať zdroje lokálnych ohnísk nákazy, pomôcť vysvetliť zmeny v šírení COVID-19, či identifikovať vznik a šírenie potenciálne nebezpečných mutácií vírusu.”
Ako dodáva doc. Broňa Brejová: “V rámci slovenských vzoriek sa nám zatiaľ podarilo v rôznych časových obdobiach identifikovať tri kmene vírusu, ktoré boli v danom čase pravdepodobne rozšírené v populácii. Okrem už spomínaného britského kmeňa sa u nás na jeseň vyskytol vo zvýšenej miere kmeň 20A.EU2 charakteristický vysokým počtom mutácií podobne ako nový britský kmeň, ďalej sme opakovane pozorovali deléciu v spike proteíne, ktorá sa vo veľkom množstve vyskytuje napríklad v Česku (ale nie v Rakúsku, či Poľsku).”
Slovenské kmene v databáze NextClade
Tento výskum je sčasti financovaný v rámci grantu APVV-18-0239 (JN) a grantov VEGA 1/0458/18 (TV) a 1/0463/20 (BB), ako aj grantom č. 872539 v schéme HORIZON-2020 EÚ.
Zdroj: https://fmph.uniba.sk, zverejnené: 8.1.2021, autor: rpa
