Medicína na predpovedanie rakoviny získala podporu nedávnym odhalením novej databázy profilov rakovinových proteínov zostavenej z AI a strojového učenia.
Nový atlas krvi s otvoreným prístupom, ktorý predstavil profesor Mathias Uhlén z KTH Royal Institute of Technology v Štokholme, poskytuje vôbec prvú mapu proteómového podpisu v krvi pacientov s rakovinou.
Disease Blood Atlas poukazuje na 1 463 proteínov spojených s 12 rôznymi typmi rakoviny a predstavuje proteíny, ktoré možno použiť na identifikáciu jednotlivých typov rakoviny na základe kvapky krvi.
Novú databázu vytvorilo konzorcium Human Protein Atlas pod vedením Uhléna so sídlom v SciLifeLab, spoločnom výskumnom centre, ktoré zahŕňa KTH, Uppsalskú univerzitu, Karolinska Institutet a Štokholmskú univerzitu.
Uhlén hovorí, že chorobný krvný atlas bol zostavený z meraní nepatrného množstva krvnej plazmy odobratej od 1 400 pacientov s rakovinou v čase diagnózy a pred liečbou. Vzorky krvi prešli kombináciou štatistickej analýzy génovej expresie a predikcie ochorenia na základe strojového učenia.
Ako uviedol Uhlén: „Toto je nová stratégia proti rakovine na skúmanie proteómového podpisu v krvi od pacientov s rakovinou.“
Vydanie predstavuje 22. verziu voľne prístupného Atlasu ľudských proteínov, zdroja na profilovanie ľudských proteínov (www.proteinatlas.org), ktorý obsahuje 12 sekcií, z ktorých každá skúma ľudské proteíny od rôznych anjelov, vrátane nového Atlasu krvi pre choroby a Sekcie 3-D štruktúry proteínov.
Vydanie sprevádza 5-miliónov aktualizácií v databázach tkanív a bunkových línií Human Protein Atlas.
Časť Proteín 3-D Structure ukazuje 3-D štruktúry pre všetky ľudské proteíny pomocou predikčného modelu založeného na AI (AlfaFold). Okrem toho veľká aktualizácia sekcie Atlas tkaniva poskytuje podrobné multiplexné priestorové profilovanie proteínov špecifických pre ľudské semenníky a obličky. Poskytuje sa tiež viac údajov o analýze jednotlivých buniek tkanív a orgánov, ako aj údaje z rozsiahleho katalógu ľudských bunkových línií.
Ako dodal Uhlén: „Veríme, že nové časti Atlasu ľudských proteínov s otvoreným prístupom s veľkým množstvom nových údajov pokrývajúcich všetky ľudské proteíny poskytujú nové dimenzie cenných informácií pre výskumníkov, ktorí sa zaujímajú o ľudskú biológiu a choroby.“
Dielo bolo financované Nadáciou Knut a Alice Wallenbergovcov.
Zdroj: https://sciencebusiness.net, https://www.kth.se; zverejnené: 10. 1. 2023, autor: rpa
