ELIXIR je medzinárodná výskumná infraštruktúra, ktorá združuje zdroje o živých vedách z celej Európy. Tieto zdroje zahŕňajú databázy, softvérové nástroje, školiace materiály, cloudové úložisko a superpočítače.

ELIXIR koordinuje tieto zdroje tak, aby tvorili jednotnú infraštruktúru. Táto infraštruktúra uľahčuje vedcom nachádzať a zdieľať dáta, vymieňať si odborné znalosti a dohodnúť sa na osvedčených postupoch. V konečnom dôsledku im to pomáha získavať nové poznatky o fungovaní živých organizmov.

ELIXIR bol založený v decembri 2013 a svoj prvý vedecký program začal realizovať v roku 2014. V súčasnosti realizuje svoj druhý päťročný vedecký program.

Aktuálne má ELIXIR 23 členov, dve asociované krajiny, a združuje viac ako 220 výskumných organizácií.

Mapa krajín zapojených do siete ELIXIR. Každá krajina má zriadený tzv. ELIXIR uzol (node), ktorý je sieťou inštitútov, ktoré v danej krajine vykonávajú vedeckú a technickú prácu ELIXIRu.

ELIXIR:

•       Prináša návrhy ako môžu výskumníci v celej Európe pristupovať k veľkému množstvu dát z oblasti biologických vied, ukladať ich, prenášať a analyzovať.

•       Identifikuje kľúčové zdroje dát v celej Európe a podporuje väzby medzi dátami a literatúrou, napr. uľahčením prechodu z vedeckej práce do súboru dát, z ktorého táto práca vychádzala.

•       Sprístupňuje výskumníkom najlepšie softvéry na analýzu svojich dát. 

•       Stanovuje celoeurópske štandardy, ktoré je možné použiť na opis dát zo živých vied. To uľahčuje porovnávanie a analýzu rôznych súborov dát.

•       Pomáha vedcom a vývojárom nájsť vhodný tréning, ktorý potrebujú, a tiež poskytnúť tento tréning.

•       Vyvíja komunity, štandardy, databázy a nástroje vo vybraných oblastiach biológie (napr. Marine Metagenomics, Human Data).

Štruktúra organizácie ELIXIR

ELIXIR je organizovaný pomocou modelu „Stredisko (Hub) a Uzly (Nodes)“, kde úlohou Strediska je koordinovať prácu vykonanú Uzlami.

Uzol ELIXIR je združenie výskumných ústavov v rámci členského štátu. Každý Uzol má vedúci inštitút, ktorý dohliada na prácu tohto Uzla. Napríklad vedúcim inštitútom ELIXIR v Nórsku je Univerzita v Bergene. Ďalšími inštitúciami v Uzle sú Univerzita v Osle, Univerzita v Tromsø, Nórska univerzita vedy a techniky a Nórska univerzita vied o živote. Uzly stavajú na silných stránkach vedeckých komunít tejto krajiny. Napríklad Nórsko má vedúce výskumné centrá v morskej biológii, takže ELIXIR Nórsko poskytuje služby zamerané na morské metagenomiky a genomiku rýb.

Proces pristúpenia k ELIXIR, vytvorenie uzla a členské príspevky

Prístupový proces sa riadi nasledujúcimi krokmi:

–          Krajina podá žiadosť o členstvo Rade ELIXIR. Spravidla žiadosť podáva vláda krajiny, nie jej vedecká komunita;

–          Po schválení žiadosti krajina podpíše Dohodu o konzorciu ELIXIR. Pozorovateľmi sú krajiny, ktorých žiadosť bola schválená Radou a ktorí sa snažia podpísať Dohodu o konzorciu;

–          Akonáhle krajina podpíše Dohodu, stane sa plnoprávnym členom ELIXIR;

–          Vedecká komunita tejto krajiny potom vytvorí Uzol a zašle žiadosť o registráciu Uzlu. Žiadosť obsahuje zoznam inštitúcií v krajine, ktoré budú tvoriť Uzol, a aké služby budú poskytovať;

–          Rada ELIXIR a Vedecká poradná rada ELIXIR preskúmajú žiadosť o zriadenie Uzlu;

–          Po schválení žiadosti o Uzol vedúca inštitúcia Uzla následne vypracuje a podpíše Dohodu o spolupráci so Strediskom ELIXIR. Toto umožní Stredisku transferovať financie do Uzla, aby ten mohol vykonávať technické činnosti, ako sú napríklad objednané služby (napr. Implementačné štúdie);

–          Počas vyššie uvedeného procesu Uzol pripraví aj plán poskytovania služieb, čo je vlastne zoznam všetkých služieb, ktoré bude poskytovať ako súčasť systému ELIXIR;

–          Každý Uzol prijíma svoj vlastný proces výberu svojich služieb. Stredisko ELIXIR monitoruje stav týchto služieb;

–          Od Uzlov sa očakáva, že ich činnosti budú v súlade s politikou spoločnosti ELIXIR pre etické, právne a sociálne dôsledky.

V prípade pristúpenia SR k ELIXIR by členský príspevok predbežne predstavoval:

Druhá možnosť je pristúpiť k ELIXIR ako pozorovateľ predtým ako požiada SR o plnohodnotné členstvo. Pozícia pozorovateľa je počas prvých dvoch rokov bezplatná a je možné danú pozíciu po uplynutí predĺžiť o ďalšie dva roky, ale už s povinnosťou úhrady vo výške 30% z vyššie uvedenej sumy ročne. Nevýhodou pozorovateľského statusu je ale nemožnosť zúčastňovať sa tzv. Commissioned Services, čo sú vlastne projekty, ktoré spájajú služby, zdroje a ľudí naprieč Uzlami ELIXIR.

Vybrané benefity pre členov

Ø  Členstvo v skupine ELIXIR

•       Vstupom do skupiny ELIXIR môžete spolupracovať s kolegami z celej Európy na vývoji služieb, noriem a osvedčených postupov v oblastiach vedy o živej prírode, ktoré vás zaujímajú.

•       V rámci každej stránky platformy, komunity a fokusovej skupiny sa môžete prihlásiť do skupiny, o ktorú máte záujem.

Ø  Zasadnutia ELIXIR

•       Členovia sa schádzajú na stretnutiach, aby prezentovali svoju prácu, vymieňali si a rozvíjali nové myšlienky.

Ø  Možnosti odborných školení a výmeny poznatkov

Ø  Príležitosti na spoluprácu s priemyslom

•       ELIXIR organizuje podujatia, na ktorých sa môžete stretnúť s partnermi z priemyslu a nadviazať spoluprácu.

Ø  Financovanie prostredníctvom tzv. Commissioned Services

•       Stredisko financuje krátkodobé technické projekty na pokrok v práci platforiem a komunít a na pomoc pri prepájaní zdrojov naprieč Uzlami. Platformy alebo komunity môžu požiadať o tzv. Commissioned Services.

•       Možnosť pracovať v inom Uzle alebo s priemyselným partnerom a uľahčiť výmenu znalostí.

Ø  Pomoc so žiadosťami o grant

Ø  Oslobodenie od poplatkov za publikácie

Prečo je ELIXIR potrebný

Spravuje obrovský nárast dát zo živých vied

•       Pokles cien sekvenátorov DNA a RNA za posledných desať rokov znamenal, že živé vedy produkujú obrovské množstvo dát. Väčšina výskumných centier nemá nástroje na ukladanie alebo prenos tohto množstva dát ani odborné znalosti na ich analýzu.

•       Compute Platform ELIXIR vytvára sieť superpočítačových služieb, ktorá výskumníkom uľahčuje správu tejto skupiny dát. Výskumníkom z celej Európy umožňuje využívať existujúce zariadenia na ukladanie, prenos a analýzu obrovských dátových súborov.

•       Dátová platforma stanovuje kritériá kvality a markery pre dátové súbory, aby si vedci mohli jednoduchšie vybrať najlepšie dátové súbory pre svoje potreby.

Vyrovnáva sa s rastúcou komplexnosťou dát

•       Dáta zo živých vied sú dostupné v širokej škále formátov a sú popísané rôznymi spôsobmi. To sťažuje zlúčenie dátových súborov a ich analýzu.

•       Platforma interoperability ELIXIR hľadá spôsoby, ako štandardizovať spôsob ukladania a popisu dát, a platforma odbornej prípravy organizuje kurzy na riešenie veľkých a komplexných dátových súborov.

Umožňuje jednoduchšie nájsť správne nástroje a školenia

•       Biologické vedy produkujú čím ďalej tým viac dát a nie je ľahké nájsť správny softvér na ich analýzu. Ak výskumník nájde správny softvér na to, čo chce robiť, musí sa naučiť, ako ho používať. Na zaobchádzanie s veľkými množinami dát je potrebné aj špeciálne školenie.

•       V rámci ELIXIRu vznikol register nástrojov, aby sa uľahčilo hľadanie správnych nástrojov pre výskum.Platforma nástrojov tiež porovnáva nástroje kvality, aby vedcom pomohla pri informovanejšom rozhodovaní. Training Platform uľahčuje viacerým ľuďom naučiť sa používať tieto nástroje a všeobecne spravovať veľké množiny dát.

Buduje robustnejšiu bioinformatickú infraštruktúru

•       Bioinformatika je disciplína, ktorá používa počítačové programy na získanie prehľadov z veľkých súborov dát, najmä dát zo sekvenovania. Niektoré krajiny v Európe majú vyspelé služby bioinformatiky, kde majú ľudia prístup k veľkým súborom dát. Ostatné krajiny však svoje zdroje stále rozvíjajú a mali by prospech z odbornosti vyspelejších služieb.

•       ELIXIR podporuje výmenu znalostí a podporu v celej Európe, aby sa menšie bioinformatické zdroje mohli rozvíjať a pripojiť sa k celoeurópskej infraštruktúre. Vďaka tomu sú výskumníkom k dispozícii nové súbory dát a umožňuje im to získať ďalší pohľad na ochorenia a normálnu funkciu v živých organizmoch.

Podporuje inovácie a spoluprácu s priemyslom

•       Manipulácia a analýza obrovského množstva dát, ktoré sú v súčasnosti v živých vedách generované, často vyžadujú viac zdrojov, ako majú agro-podnikateľské a biotechnologické firmy k dispozícii. Jedným z riešení je spolupráca s ELIXIRom, ktorý ponúka verejné služby.

•       ELIXIR prevádzkuje priemyselný program, ktorý propaguje tieto spolupráce nielen v rámci Európy, ale aj po celom svete.

•       Infraštruktúra, ktorú ELIXIR buduje, umožňuje prístup k biologickým dátam v rámci Európy a poskytuje jednoduchšie spôsoby analýzy a získania nových poznatkov z týchto dát. Tieto nové poznatky stimulujú inovácie v biotechnologickom a farmaceutickom priemysle, ako aj v poľnohospodárskom a environmentálnom výskume. Inovácie pomôžu pri vytváraní pracovných miest a tiež pri riešení niektorých globálnych problémov, ako napríklad starnutie populácie, zhoršovanie životného prostredia a zmenšujúce sa zásoby potravín a nerastných surovín.

Zdroj: www.elixir-europe.org