Nový program sa bude realizovať prostredníctvom troch hlavných pilierov.

II. pilier „Globálne výzvy a konkurencieschopnosť európskeho priemyslu“ [celkovo 52.7 mld. EUR*] by mal posilniť kľúčové technológie a riešenia na podporu politík EÚ a cieľov udržateľného rozvoja. Priamo by preto mal podporovať výskum týkajúci sa spoločenských výziev, posilňovať technologické a priemyselné kapacity a stanovovať „misie“ na úrovni EÚ s ambicióznymi cieľmi, ktoré sa zaoberajú niektorými z najväčších spoločenských problémov a výziev.

II. pilier zahŕňa aj aktivity Spoločného výskumného centra (JRC) [2.2 mld. EUR*], ktoré podporujú tvorcov politík EÚ a členských štátov s nezávislými vedeckými poznatkami a technickou podporou.

V rámci návrhu rozpočtu sa uvádzajú aj informácie o výdavkoch tzv. „klastrov“ v rámci druhého piliera programu. II. pilier bude rozdelený na šesť nasledovných klastrov: