Inštitucionalizované partnerstvá budú výskumné a inovačné programy uskutočňované spoločne niekoľkými členskými štátmi. Založené budú rozhodnutím Rady EÚ a EP na základe článku 185 Zmluvy o fungovaní EÚ (ZFEÚ) alebo budú štruktúrami založenými na základe rozhodnutia Rady EÚ podľa článku 187 ZFEÚ, ako sú spoločné podniky (Joint Undertakings, JU) alebo znalostné a inovačné spoločenstvá (KIC) založené na základe nariadenia o EIT (Európsky technologický a inovačný inštitút). Tieto partnerstvá budú zavedené len vtedy, ak by iné formy európskych partnerstiev nemohli dosiahnuť ciele a očakávaný prínos. Zároveň musí byť odôvodnená dlhodobá perspektíva/vízia a vysoká miera integrácie týchto partnerstiev. Pri implementácii budú aplikované pravidlá programu Horizont Európa, výnimky musia byť odôvodnené už v základnom legislatívnom akte.
Iniciatívy podľa článku 185 sú dlhodobé verejno-verejné partnerstvá, ktoré spoločne vykonávajú viaceré členské štáty EÚ a pridružené krajiny. Podmienkou je účasť najmenej 40% členských štátov EÚ, ktorých finančný príspevok do partnerstva môže byť najmenej 50% (a najviac 75%) celkového rozpočtu partnerstva. Európska únia sa podieľa na poskytovaní významného finančného príspevku (až do výšky 50%) prostredníctvom rámcového programu.
Členské štáty môžu prispievať finančne (napr. národný príspevok na projekty vybrané na základe medzinárodnej výzvy) ale aj v nefinančnej (napr. využitie inštitucionálneho financovania verejnej výskumnej organizácie, ktorá v rámci partnerstva uskutočňuje výskum).
Verejno-verejné partnerstvá vo výskume a inováciách sú siete verejných organizácií (ministerstvá, finančné agentúry, manažéri programov) zo zainteresovaných krajín EÚ a mimo nej, ktoré spájajú sily na podporu výskumných činností v rámci dohodnutej vízie alebo programu výskumu a inovácií. Týmto spôsobom partnerstvá zosúlaďujú národné stratégie a pomáhajú zjednocovať úsilie v oblasti verejného výskumu.
Na podobnom princípe fungujú aj partnerstvá zriadené čl. 187 ZFEÚ, avšak v tomto prípade ide spojenie súkromného a verejného sektora. Medzi členov spoločného podniku patrí Európska komisia, neziskové združenie vedené priemyslom a členské štáty / pridružené štáty. Malé a stredné podniky (MSP), výskumné organizácie (vrátane univerzít) a členovia spoločností sú vítaní, aby sa pripojili k priemyselným združeniam. Partnerstvá podľa čl. 187 podporujú kooperatívny výskum v celej Európe v oblastiach kľúčového významu pre priemyselný výskum, kde sú jasne stanovené spoločné technologické a ekonomické ciele. Cieľom je zvýšiť európske investície poskytnutím jasného rámca pre investície do výskumu, ktoré povzbudí priemysel aj členské štáty, aby zvýšili svoje výdavky. Tieto partnerstvá organizujú svoj vlastný výskumný program a prideľujú finančné prostriedky na projekty na základe otvorených výziev.
