CVTI SR buduje národný uzol EOSC (EOSC Node Slovakia)

Centrum vedecko-technických informácií SR (CVTI SR) buduje Slovenský EOSC uzol s cieľom integrovať národné výskumné zdroje do Federácie EOSC. Prostredníctvom interoperabilnej platformy KOMIS uzol prepája slovenské výskumné organizácie, univerzity a dátové repozitáre vrátane Centrálneho repozitára pre správa výskumných dát (SVD).

CVTI SR zároveň využíva rozsiahlu infraštruktúru, vrátane Dátového centra pre výskum a vývoj, ako aj špecializované bioinformatické prostredia a HPC zdroje prepojené so slovenskými výskumnými aktérmi. Medzi kľúčové prínosy patria správa dát v súlade s princípmi FAIR a možnosti cezhraničnej výskumnej spolupráce vo forme cezuzlových vedeckých prípadov použitia.

Kombinovaná úloha CVTI SR ako Národného sekretariátu EOSC SK a Národnej kancelárie pre otvorenú vedu stavia Slovenský EOSC uzol do pozície mosta medzi slovenskými výskumnými infraštruktúrami a širším európskym výskumným ekosystémom, čím rieši fragmentáciu dát a zároveň zvyšuje interoperabilitu a dostupnosť pre slovenských aj európskych výskumníkov.

Kľúčovým cieľom Slovenského uzla EOSC je posilniť výskumné kapacity Slovenska, prispieť slovenskými zdrojmi a expertízou do budovania EOSC Federácie, riešiť fragmentáciu slovenských výskumných dát a zlepšiť ich dostupnosť. Počiatočný technický cieľ zahŕňa integráciu subsystému SVD platformy KOMIS pri zabezpečení súladu s princípmi FAIR a ďalšími štandardmi Federácie EOSC. Následné ciele zahŕňajú integráciu Dátového centra CVTI SR a vytvorenie prepojení na HPC služby slovenských výskumných aktérov.

Vedecké prípady použitia

V rámci budovania EOSC Federácie je CVTI SR zapojené do nasledovných vedeckých prípadov použitia.

1. Federovaná analýza genómov patogénov

Vedecký prípad federovanej analýzy genómov patogénov opisuje federovanú cezhraničnú schopnosť pre včasnú analýzu genómov patogénov, ktorá prináša výpočtový výkon k dátam namiesto kopírovania citlivých dát medzi inštitúciami. Cieľom je skrátiť čas potrebný na získanie poznatkov pre detekciu ohnísk, určenie zdroja a sledovanie antimikrobiálnej rezistencie (AMR), pričom sa zachováva suverenita dát a spĺňajú sa európske právne a etické požiadavky. Skúsenosti z pandémie COVID‑19 ukázali, že sekvenovanie vo veľkom meradle môže zásadne zmeniť rozhodovanie v oblasti verejného zdravotníctva.

Operačne sa iniciatíva začína s dvoma susediacimi uzlami Federácie EOSC – Slovenským národným uzlom, ktorý poskytuje workflowy, dátové súbory, výpočtovú infraštruktúru a doménovú expertízu, a Poľským národným uzlom (prostredníctvom Poľského národného vedeckého centra (NCN) a vedeckej repozitárnej služby), ktorý poskytuje kľúčovú technickú podporu a vlastné dátové súbory.

Demonstračná vizualizácia údajov o sledovaní genómu patogénov. Zdroj: CVTI SR

2. Multicentrická validácia modelov umelej inteligencie pre skríning rakoviny prostaty

Pokroky v digitálnej patológii menia diagnostiku rakoviny tým, že umožňujú vysokorozlišovacie zobrazovanie vzoriek tkanív a využitie umelej inteligencie (AI) na podporu klinického rozhodovania. Rakovina prostaty, jedno z najrozšírenejších nádorových ochorení u mužov na celom svete, predstavuje kritický prípad pre rannú a presnú diagnostiku, pretože mieru prežitia výrazne ovplyvňuje včasná detekcia a liečba.

Cieľom prípadu použitia multicentrickej validácie AI modelov pre skríning rakoviny prostaty (MCVAL), koordinovaného BBMRI-ERIC EOSC uzlom, je vytvoriť bezpečné prostredie, v ktorom je možné validovať AI modely pre skríning rakoviny prostaty pomocou dát z rôznych nemocníc. Namiesto budovania nových diagnostických systémov sa projekt sústreďuje na testovanie existujúceho modelu, ktorý bol trénovaný na celoplošných skenoch vzoriek, a na hodnotenie jeho výkonu pri aplikácii na dáta spracované inde.