Spoločné výskumné centrum Európskej komisie (JRC) potvrdilo platnosť metódy detekcie špecifickej pre Omicron, ktorú vyvinulo.
Všetky laboratóriá vykonávajúce PCR testy by mohli použiť túto novú metódu na detekciu a identifikáciu Omicron bez potreby drahého a časovo náročného sekvenovania.
Nová metóda PCR sa ukázala ako vysoko účinná v testoch špecifických pre Omicron, ktoré vykonalo JRC. V praxi to znamená, že metóda poskytuje každému laboratóriu pracujúcemu so štandardnou technológiou PCR možnosť identifikovať variant Omicron rýchlo a bez potreby časovo náročného sekvenovania.
Modifikované činidlo vyvinuté JRC si môžu objednať bežní dodávatelia PCR testu a možno ho rýchlo implementovať. Každé laboratórium, ktoré dnes vykonáva PCR testy, sa bude vedieť rýchlo prispôsobiť. Táto nová metóda bola predstavená 21. decembra 2021 členským štátom vo Výbore pre zdravotnú bezpečnosť.
Metodológia
Väčšina zmien charakterizujúcich variant Omicron sa nachádza v géne kódujúcom Spike glykoproteín, ktorý je kľúčovou zložkou vírusu, ktorý uľahčuje jeho vstup do ľudských buniek. Je tiež cieľom vakcín na báze mRNA a vírusových vektorov.
Skúmaním oblastí kódujúcich Spike proteín všetkých kompletných sekvencií označených Omikronom vedci JRC identifikovali cieľovú oblasť s jedinečným a Omikron špecifickým zhlukom sekvencie nukleovej kyseliny.
Na základe týchto zistení navrhli Omicron variant špecifickú polymerázovú reťazovú reakciu v reálnom čase (RT-qPCR).
Senzitivita a špecifickosť metódy bola teraz úspešne potvrdená: vzorky od pacientov infikovaných Omicronom boli testované pozitívne, zatiaľ čo vzorky od pacientov infikovaných inými variantmi, ako je rozšírený delta variant, boli testované negatívne.
Preto tento prístup umožňuje rýchlu a lacnú identifikáciu Omicron so štandardným laboratórnym vybavením.
Pozadie
JRC neprestáva dohliadať na Omicron a ďalšie varianty COVID-19. Je veľmi dôležité pochopiť, ktorý variant SARS-CoV-2 sa šíri, ako a kam smeruje. Dnes je variant Delta stále dominantný, ale je stále dôležité identifikovať prípady Omicron a obmedziť ich.
Variant Omicron je veľmi odlišný od pôvodného kmeňa „Wuhan“ a pri rutinných testoch môže chýbať. To je zásadný dôvod, prečo JRC sleduje všetky varianty a neustále vyhodnocuje efektivitu používanej diagnostiky.
Vedci JRC nás chránia neustálym monitorovaním výkonu 17 najčastejšie používaných testovacích metód PCR proti všetkým variantom, ktoré nás znepokojujú. Výsledky sa oznamujú na dashboard v databáze diagnostických zariadení a testovacích metód COVID-19 in vitro.
Zdroj: https://ec.europa.eu/jrc, zverejnené: 3. 1. 2022, autor: rpa
