Monitorovaciu správu spracovalo CVTI SR a Vedecký park UK v Bratislave za využitia informačného systému NarCoS (Národné COVID-19 sekvenovanie). Experimentálnu a organizačnú časť spracovania vzoriek realizoval Úrad verejného zdravotníctva SR.
Monitorovacie správy budú spracovávané na pravidelnej báze.
Centrum vedecko-technických informácií SR (CVTI SR) dlhodobo poskytuje slovenským výskumným skupinám nevyhnutnú odbornú pomoc a infraštruktúru na boj proti pandémii SARS-CoV-2. Už pri prvých pozitívnych nálezoch v marci 2020 zabezpečilo okamžitú podporu pre získanie genomických sekvencií slovenských kmeňov vírusu SARS-CoV-2. Od tohto momentu sa stalo kľúčovým partnerom pri analýzach a vyhodnocovaní pacientskych vzoriek, čím umožňuje plošné sledovanie zastúpenia virálnych kmeňov na Slovensku, ktoré je nevyhnutné pre vyhodnotenie pandemickej situácie a určenie patričných opatrení. Získané genomické sekvencie sú navyše nahrávané do medzinárodných databáz GisAid a ENA, taktiež na covid19dataportal.org, ktoré poskytujú výskumným skupinám po svete komplexný prehľad o vývoji a evolúcii vírusu.
Počas prebiehajúcej pandémie boli analyzované tisíce vzoriek slovenských pacientov, ktoré ďalej slúžia na neustále zlepšovanie a spresnenie výpočtových postupov. Analýza týchto veľkorozmerných dátových súborov presahuje typické výpočtové kapacity štandardných laboratórnych pracovísk. Výpočtová infraštruktúra CVTI SR týmto výrazne odbremenila potreby lokálnych serverových kapacít, ako aj odborných pracovníkov zodpovedných za dátové analýzy, evidenciu metadát a nahrávanie do verejných databáz (ENA, GisAid).
Pre zrýchlenie a zjednodušenie procesu spracovania a analýzy vzoriek, bol vyvinutý systém Národného COVID-19 sekvenovania (NarCoS), pracovníkmi Vedeckého Parku Univerzity Komenského. CVTI SR poskytlo potrebné serverové a výpočtové zabezpečenie na beh tohto systému vo vývojom aj produkčnom prostredí. Systém navyše zabezpečuje zber metadát z epidemiologických systémov a ich párovanie k sekvenačným dátam, čím sa zabezpečuje anotácia genomických a epidemiologických dát na spoločnom priestore.
Viac informácií:
Monitorovacia správa o výskyte variantov vírusu SARS-CoV-2 v SR za obdobie 20.6.-17.7.2022
Zdroj: CVTI SR a Vedecký park UK v Bratislave, zverejnené: 21. 7. 2022, autor: rpa
