Spoločné výskumné centrum Európskej komisie (JRC) vyvinulo novú metódu detekcie špecifickú pre nový variant omikron. Metóda bola úspešne overená in silico na základe bioinformatiky. JRC teraz pozýva kontrolné laboratóriá na celom svete, aby to overili in vivo na klinických vzorkách.
Po nedávnom objavení sa nového variantu SARS-CoV-2, omikron, v južnej Afrike a po prvých prípadoch hlásených v Európskej únii a Spojenom kráľovstve je sledovanie vírusu a monitorovanie jeho šírenia kľúčom k nasadeniu účinných protiopatrení.
Variant omikron sa dosť výrazne líši od ostatných variantov v tom, že omikron sa vyznačuje viac ako 50 zmenami nukleových kyselín oproti referenčnej sekvencii SARS-CoV-2, čo by mohlo potenciálne spochybniť detekciu vírusu. Objavili sa obavy, že nový variant by mohol byť ešte prenosnejší ako Delta.
JRC preto rýchlo vyvinulo novú metódu detekcie špecifickú pre variant omikron. Metóda je založená na široko používanej technike RT-qPCR a úspešne deteguje variant omikron in silico.
Je to veľmi rýchly test, ktorý sa ľahko robí, je rýchlejší ako sekvenovanie a iné teraz dostupné metódy. RT-PCR sa dá jednoducho nastaviť v akomkoľvek biotechnologickom laboratóriu, ktoré môže vykonávať PCR testy.
Bioinformatické predikčné testy ukazujú, že sekvencie v súboroch primérov sú vysoko presné a nezhodujú sa s genetickými sekvenciami iných vírusov vrátane iných koronavírusov alebo variantov SARS-CoV-2. JRC priamo zdieľalo túto novú metódu s tvorcami politiky EÚ a vedeckou komunitou, aby pomohlo urýchliť monitorovanie šírenia variantu omikron na celom svete, čo je v podstate závod s časom.
JRC teraz pozýva kontrolné laboratóriá na celom svete, aby to posúdili in vivo na klinických vzorkách a výsledky oznámili autorom, aby sa test v prípade potreby zlepšil.
Metodológia
Väčšina zmien charakterizujúcich variant omikron sa nachádza v géne kódujúcom „Spike“ glykoproteín. Spike proteín je kľúčovou štruktúrou, ktorá uľahčuje vstup vírusu do ľudských buniek. Je tiež cieľom vakcín na báze mRNA a vektorových vakcín.
Skúmaním oblastí kódujúcich spike proteín všetkých kompletných sekvencií označených omikronom vedci JRC identifikovali cieľovú oblasť s jedinečným a omikron-špecifickým zhlukom sekvencie nukleovej kyseliny.
Zachovali sa iba mutácie prítomné v najmenej 80 % analyzovaných sekvencií, aby sa definoval súbor spoločne zdieľaných mutácií. Pomocou tejto oblasti vedci JRC navrhli variantovo špecifický súbor primérov, ktorý sa má použiť ako metóda detekcie OmMet polymerázovou reťazovou reakciou v reálnom čase (RT-qPCR) v reálnom čase, nazývaná OmMet.
Viac informácií:
COVID-19: Aký nebezpečný je nový variant omikron
Zdroj: https://ec.europa.eu/jrc; https://www.uvzsr.sk, zverejnené: 14. 12. 2021, autor: rpa
